Landskap
I forvaltning av verneområdene forholder vi oss til å bevare landskapet først og fremst mot tiltak som kan endre det observerbare og synlig landskapet på en måte som endrer særpreget. Slik som geologiske forekomster og landskapsformer, flora og fauna og spor av bruk som kulturminner og kulturmiljø. Det er likevel slik at også usynlige eller immatrielle verdier som hører til i landskapet som historier og sagn også skal tas hensyn til i forvaltningen og er del av det vi vil formidle som verdier i landskapsvernområdene. Den sentrale delen av Navitdalen er vurdert til å ha verdi A1, som er det «ypperste og det mest enestående landskapet innenfor regionen».
Geologi
Berggrunnen i og rundt Navitdalen er også dominert av lagdelt kvartsskifer, som er omdannet sandstein, men mot sørøst er det et parti med hardere bergarter bestående av gabbro, metagabbro, amfibolitt, dioritt og båndet granodiorittisk gneis med amfibolittlag. Gjennom den geologiske historien har is og smeltevann bidratt mest til å forme det naturlandskapet vi ser i dag. De hardere bergartene har hatt større motstandskraft mot ytre prosesser som forvitring og erosjon, og har blitt stående. De høyeste fjellene er Meastogísa (1157 moh.), Iŋggágáisá (1194 moh.) og Oahpis (1295 moh.). Selve forsenkningen i Navitdalen er utformet i langt mindre motstandsdyktig lagdelt kvartsrik sandstein og glimmerskifer. I så måte er Navitdalen verneområde et klassisk eksempel på hvordan berggrunnsgeologien i stor grad har vært bestemmende for utformingen av landskapet gjennom ytre prosesser.
Flora og fauna
Det er gjort funn av en rekke såkalte rødlistearter av karplanter i Navitdalen. En av disse er gaissakattefot, som er en sterkt truet art bare funnet et fåtall steder i Finnmark og Troms. Også andre fjellplanter som grynsildre, snøsoleie og issoleie (Nær Truet) er registrert i området.
Generelt er ikke kunnskapen om plantelivet i Navitdalen særlig bra. Det er gjort registrering av naturtyper. Man fant blant annet at skogen nord for Sáiva er sterkt preget av beite. Slik beitepåvirket skog har ofte høy naturverdi, men det finnes dessverre ikke kategorier i klassifiseringssystemet som gir grunnlag for verdisetting etter beitepåvirkning av rein. Dyrelivet er ikke godt kartlagt, men det finnes en del registreringer etter rovviltarter som jerv, gaupe og kongeørn. Alle disse har leveområder i og rundt Navitdalen.
Kultur og historie
Vi kan hevde at Navitdalen, slik det er i dag, er reindriftens landskap. Deler av dalen preges av tamreindrift, der kjørespor fra firehjuls terrengsykler (ATV), gjerder og hytter er elementer som finnes spredt innenfor et forholdsvis stort område. Men måten ressursene og områdene er blitt brukt, endrer seg over tid. Reindriften har brukt Navitdalen i lang tid, men intensiteten har trolig økt de siste generasjonene. Det finnes også mange spor av boplasser og gammer fra eldre tider, og også andre kulturminner som viser bruk langt tilbake i tid – for eksempel anlegg for fangst av villrein. Navitdalen har lenge vært et møtested. I generasjoner har fastboende og flyttsamer utvekslet varer og tjenester. De har byttet kystens varer og produkter mot reinkjøtt og skaller, og gitt husrom for de som var på flytting med reinflokken eller gjette buskap over vinteren. Dette forholdet kalles verddevuohta og er en viktig tradisjon, som også har en verdi i dag. I tillegg til reindriften har fastboendes bruk også lang historie. Områdene har vært beiteområder for buskap, gode jaktområder, multemyrer, gitt ved til oppvarming eller fisk fra elva. Slik aktivitet setter lite spor i landskapet, men fortellingene gir mange holdepunkter.